金融厅的设立是为确保日本金融系统的稳定，又同时是保护存款人、保单持有人、有价证券等投资者利益以及促进金融便利化为目的的。
金融厅是外汇保证金业务的主要监管部门，日本的金融监管实行的是混业监管，即由金融厅独家对银行业、证券业、保险业及非金融机构进行全面监管。对外汇保证金业务机构的监管，主要包括定期检查(半年或年终结算时等)、随时检查以及交易商每月末提供交易报告等形式。
金融厅是日本金融监管的最高行政部门。日本银行的法定职能是独立执行货币政策，在法律上并不兼负银行监管责任。但由于执行货币政策需要了解和把握金融业的运行状况，因此，新《日本银行法》第44条规定，日本银行为行使其职能，有权与有业务往来的金融机构签订检查合同，并在合同的基础上对其进行检查。日本银行可以通过现场检查和非现场检查，督促和指导金融机构对其经营中存在的各种风险进行有效管理。尽管金融厅与日本银行的分工有所不同，检查重点明显不同，但银行监管事实上变成了双重监管。为了"各司其职"而又有交流合作，新《日本银行法》第44条第3款规定，应金融厅长官的要求，日本银行应向金融厅出示检查结果并允许金融厅职员查阅相关资料。在实际工作中，金融厅和日本银行的职员实际上经常互换信息，形成相互配合的密切关系。此外，为了不加重被检查金融机构的负担，双方通过协商机制协调对同一金融机构的现场检查日程安排。
